Die von den Nervenzellen der Substantia nigra (Pars compacta) ausgehende dopaminerge Projektion zum Striatum stellt heute deswegen einen besonders stark erforschten Modulationsweg innerhalb der Basalganglien dar, weil man erkannt hat, dass seine Störung infolge einer vorzeitigen Degeneration („Alterung“) zu den Symptomen der Parkinsonschen Krankheit führt.
Die Basalganglien sind eine Sammlung von Nuclei, die sich beiderseits des Thalamus befinden, außerhalb und oberhalb des limbischen Systems, jedoch unterhalb des Gyrus cinguli und innerhalb der Temporallappen. Obwohl hier, wie im übrigen Gehirn, Glutamat der häufigste Neurotransmitter ist, spielt der inhibitorische Neurotransmitter GABA die wichtigste Rolle in den Basalganglien.
Die größte Gruppe dieser Nuclei wird als Corpus striatum (“gestreifter Körper”) bezeichnet, bestehend aus Nucleus caudatus (“Schweif”), Putamen (“Muschel”), Globus pallidus (“blasser Globus”) und Nucelus accumbens (“lehnend”). All diese Strukturen sind gedoppelt, ein Satz zu jeder Seite des zentralen Septum.
Der Nucleus caudatus liegt gleich hinter dem Frontallappen und windet sich zurück in Richtung Okzipitallappen. Er verschickt Botschaften an den Frontallappen (insbesondere an den orbitalen Cortex, gleich oberhalb der Augen) und scheint dafür zuständig zu sein uns darüber zu informieren, dass etwas nicht stimmt und wir etwas dagegen tun sollten: Wasch deine Hände! Schließ deine Tür ab! Wie diese Beispiele andeuten, ist ein überaktiver Nucleus caudatus wahrscheinlich an obsessiv-zwanghaften Störungen [engl.: obsessive compulsive disorder (OCD)] beteiligt. Andererseits kann ein zu wenig aktiver Nucleus caudatus an verschiedenen Störungen beteiligt sein, etwa an der Hyperaktivitätsstörung [engl.: ADD für Attention Deficit Disorder], Depression, Aspekten der Schizophrenie und schlichter Lethargie. Er ist auch am PAP Syndrom beteiligt, einem dramatischen Verlust der Motivation, wie erst neuerlich entdeckt wurde (vgl. unten).
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